Quando venne eletto nel 1999 la Radio Vaticana rammentò il fatto che Ciampi era stato educato cattolicamente e il parroco romano di San Saturnino ricordò che frequentava abitualmente, insieme alla moglie Franca, la parrocchia. Il vescovo della sua Livorno, l’indimenticato Alberto Ablondi, ricordò il forte impegno della zia, Milla Ciampi, nelle attività ecumeniche della diocesi. Mentre l’allora arcivescovo Tarcisio Bertone, salesiano, volle sottolineare la particolare devozione del neopresidente per la figura del santo fondatore della sua congregazione: “Mia moglie - gli aveva confidato - è testimone che io sono sempre stato devoto di don Bosco e con mia moglie lo abbiamo invocato soprattutto nelle difficoltà familiari ed educative. E don Bosco non ci ha mai abbandonati”.
Già come premier, ma soprattutto come presidente della Repubblica Ciampi ha intrecciato un rapporto di particolare stima reciproca con Giovanni Paolo II. Più volte è stato ospite della messa mattutina o per pranzo nel Palazzo Apostolico. Sempre in compagnia della signora Franca, che nel primo incontro ufficiale del 1999 salutò il pontefice con il celebre: “Santità non si strapazzi troppo. Prego per la sua salute”.
Anche con Benedetto XVI i rapporti sono rimasti molto calorosi. A questo proposito nel citato articolo della Civiltà Cattolica venne citato un brano del discorso con cui Ciampi accolse papa Ratzinger in visita al Quirinale il 24 giugno 2005, sottolineando come le parole usate esprimevano “appieno la correttezza dei rapporti fra Chiesa e Stato” manifestando nello stesso tempo “lo spirito di una sana laicità”. Quella “sana laicità” di cui Ciampi è stato quasi un simbolo nell’Italia repubblicana.