Qui vengono milioni di pellegrini ogni anno. A inginocchiarsi davanti a un semplice sarcofago di pietra, incastrato nel pilastro sotto l'altare maggiore della chiesa inferiore della Basilica.

La cripta venne scavata nella pietra viva nel 1820. E nelle nicchie d'angolo sono poste le tombe di quattro discepoli del Santo: Leone, Masseo, Rufino e Angelo. Tra le due scale di accesso si trovano anche i resti di Jacopa de’ Settesoli, la benefattrice romana che Francesco era solito chiamare “frate Jacopa”.

Il luogo di Assisi dove sorge la Basilica di san Francesco, agli inizi del 1200 era conosciuto come "Colle dell’inferno", perché vi eseguivano le condanne capitali.

Il Santo muore alla Porziuncola il 3 ottobre 1226 e il suo corpo viene sepolto nella chiesa di San Giorgio (la cappella del Crocifisso nell’attuale Basilica di Santa Chiara). Nel 1227 il "Colle dell’inferno" è donato a Papa Gregorio IX, che vi decide la costruzione di una chiesa per ospitare il corpo di san Francesco, dove questo viene traslato nel 1230.