Ordinato presbitero dell'Arcidiocesi di Genova il 29 giugno 1977, Moraglia è stato eletto alla sede vescovile della Spezia-Sarzana-Brugnato il 6 dicembre 2007 e ordinato vescovo il 3 febbraio 2008. È presidente del Consiglio di Amministrazione della Fondazione «Comunicazione e Cultura» della Cei e consultore della Congregazione per il Clero. Uomo dallo spiccato profilo sia pastorale che culturale, Dottore in Teologia Dogmatica, Moraglia ha ricoperto numerosi incarichi. Ha diretto l'Ufficio per la Cultura e l'Università dell'Arcidiocesi di Genova; è stato presidente della Commissione Diocesana per i Problemi Pastorali dei Movimenti Religiosi Alternativi e delle Sette e assistente diocesano del Meic, il Movimento Ecclesiale di Impegno Culturale.

È stato docente di cristologia, antropologia, sacramentaria e di storia della teologia presso la Facoltà Teologica dell'Italia Settentrionale, sezione del Seminario di Genova, e preside e docente dell'Istituto Superiore di Scienze Religiose Ligure. Ha collaborato al corso di formazione per i curatori della formazione permanente dei presbiteri presso lo Studium della Congregazione per il Clero; ha tenuto corsi di esercizi spirituali e Conferenze per religiose, per il clero e per studenti; collabora con la rivista «Sacrum Ministerium», periodico della Congregazione del Clero.