Il Papa ha nominato mons. Gerhard Ludwig Müller, finora vescovo di Ratisbona, prefetto della Congregazione per la dottrina della fede e  presidente della Pontificia commissione Ecclesia Dei, della Pontificia commissione biblica e della Commissione Teologica internazionale. La nomina del presule tedesco viene dopo la rinuncia agli stessi incarichi da parte dello statunitense William Joseph Levada per motivi di età.Con i nuovi incarichi mons. Müller è stato inoltre elevato dal Papa alla dignità di arcivescovo. Quella di Levada era stata la prima nomina in curia di Benedetto XVI dopo la sua elezione, visto che con il suo nuovo incarico era rimasto vacante l'incarico di prefetto della Congregazione per la dottrina della fede che Ratzinger aveva ricoperto per 23 anni, al fianco di papa Wojtyla. Benedetto XVI ha accolto le dimissioni presentate dal card. Levada oltre un anno dopo la presentazione.Il nuovo prefetto della Congregazione per la dottrina della fede, connazionale di Benedetto XVI, andrà anche a dirigere la commissione Ecclesia Dei, che segue il dialogo con i tradizionalisti cattolici e sta esaminando l'ipotesi di ricomposizione con i lefebvriani. Presiederà inoltre sia la Commissione Biblica che la Commissione Teologica Internazionale.